Mentalizada con el fin de difundir la historia guayaquileña e impulsar la lectura en la colectividad, la Librería de la Biblioteca Municipal, ubicada en el mezanine de la institución, presta sus servicios desde el 2004 y se encarga principalmente de la venta de obras impresas facsimilarmente e inéditas del Programa Editorial y publicaciones auspiciadas por la Muy Ilustre Municipalidad de Guayaquil; todas éstas a precios de costo.

Además de la promoción y venta de los libros se encarga de hacer la entrega de donaciones de material bibliográfico del Programa Editorial a las bibliotecas de diferentes instituciones educativas y culturales, permitiendo de esta manera que profesores y estudiantes tengan la oportunidad de acceder a la información de las publicaciones.

La Librería, mantiene exposiciones permanentes de su fondo editorial en los halles de la Biblioteca Municipal y participa activamente en la Feria Internacional del Libro EXPOLIBRO, que se realiza anualmente, interviniendo con la venta de publicaciones y los actos de presentación de libros del Programa Editorial, en el Palacio de Cristal del Renovado Mercado Sur del Malecón 2000.

Con el objetivo de promover la lectura y adquisición de textos a bajos costos, la Librería de la Biblioteca Municipal, pone a disposición de la comunidad en general, obras de gran valor histórico, literario y social. Entre las publicaciones más significativas tenemos la Colección de Escritores Guayaquileños, la Serie de Selecciones Biográficas, la Colección de Poemarios Guayaquileños, la Colección de Memorias Guayaquileñas (cómics) y la Colección de Autores Contemporáneos.